出口退税申报操作会遇到哪些问题？
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一、时间要求：
出口企业当年出口的货物，最晚应在货物报关出口之日的次月起至次年4月30日前的各增值税申报期内向主管税务机关申报出口退(免)税。
二、顺序要求：
生产企业申报增值税纳税申报表和出口退(免)税时，应先申报增值税纳税申报表，后申报出口退(免)税。但应注意，一旦税务机关审核通过，就不能修改该企业的增值税纳税申报表。因此，在申报出口退(免)税前，应仔细核对填报的申报表是否正确，增值税纳税申报表确认无误后，再点击出口退(免)税申报。
三、勾选操作：
外贸企业应单独设账核算出口货物的金额和进项税额，若购进货物时不能确定是用于出口的，先记入出口库存账，用于其他用途时应从出口库存账转出。也就是说，外贸企业取得的用于内销的进项和用于出口的进项需要分别核算。
故，应遵循以下原则：在勾选确认发票操作前，先确认发票用途，勾选“进项抵扣”或“用于出口退税”。例如：若取得发票中的货物暂不能确定内销或出口的，可先按照“用于出口退税”勾选确认，后期确认用作内销使用，再办理“出口转内销证明”，待证明开具后的次月申报期，填写增值税申报表附表二“外贸企业进项税额抵扣证明”栏次进行抵扣。
四、不退税商品或是免税商品：
由于企业申报的《生产企业出口货物免抵退税申报明细表》或《外贸企业出口退税出口明细申报表》“出口商品代码”中填报的商品代码为不退税商品代码，或免税商品代码。企业需在申报系统中点击“在线申报”找到“配置”在“退税商品码”中输入相应的商品代码，来查询企业出口的商品是否为不退税商品或免税商品，查看该商品代码所对应的“特殊商品标识”。若特殊商品标识为“1”，则该商品为不退税商品，需在增值税申报表中按适用征税率申报增值税;若特殊商品标识为“2”，则该商品为免税商品，需在增值税申报表中按免税收入申报增值税。
五、报关单号：
出口企业在申报出口退(免)税时，系统提示“海关数据中无此报关单号”是由于企业申报的《生产企业出口货物免抵退税申报明细表》或《外贸企业出口退税出口明细申报表》“出口货物报关单号”中填报的报关单号未在海关数据中找到。可能是该笔报关单的海关信息还未传送到税务机关或者报关单号录入错误造成的，这时就需要企业等待报关单海关信息传送到税务机关或修改报关单号后进行申报。
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